Głównym zadaniem sekcji nurków jaskiniowych TOPR jest ratowanie nurków, którzy ulegli wypadkom podczas nurkowań w syfonach w jaskiniach tatrzańskich.

Jednak jak pokazują doświadczenia z lat poprzednich należy się również liczyć z innymi wezwaniami. Po lawinie z 2001 nurkowie TOPR poszukiwali i wydobywali ciała ofiar z lawiny pod Rysami, byli również wzywani do innych działań jak poszukiwanie topielców w Dunajcu czy wyciąganie rybaków dryfujących na krze na okolicznych akwenach.

Grupa nurkowa TOPR liczy obecnie osiem osób, w jej skład wchodzi sześć osób z Zakopanego oraz dwie, które są dostępne w ciągu sześciu godzin od zgłoszenia wypadku. Sekcja jest dość zamknięta, aby się do niej dostać trzeba być doświadczonym nurkiem jaskiniowym oraz ratownikiem górskim z dużym stażem. Większość nurków jest również doświadczonymi ratownikami medycznymi. Jest to niezbędne ponieważ istnieje niebezpieczeństwo, iż w niektórych przypadkach trzeba będzie się zająć poszkodowanym za syfonem. W skrajnych przypadkach będzie niezbędne zbudowanie mini szpitala, więc umiejętności medyczne są niezbędne.

W związku z rozlicznymi działaniami w jakich może być użyta sekcja nurków jaskiniowych TOPR, szkolenia prowadzone są w różnych miejscach i mają bardzo szeroki charakter. Głównym poligonem szkoleniowym jest Morskie Oko, gdzie zimą można trenować nurkowanie overhead. Bliskość i dostępność jeziora czyni zeń idealne miejsce do szkoleń. Szkolenia prowadzone są również na innych jeziorach w Polsce oraz na Morzu Bałtyckim.

Nurkowie współpracują z grupami nurków Policji, wojska oraz Straży Pożarnej oraz z podobnymi jednostkami z innych krajów. Dzięki temu mają możliwość rozwijania się i wymiany doświadczeń z najlepszymi. Jednak nic nie zastąpi działań w prawdziwych jaskiniach. Dwa razy do roku organizowany jest obóz dla wszystkich ratowników, najczęściej w rejonie gdzie występuje dużo, łatwo dostępnych jaskiń jak Francja czy Bałkany. Poza tym cyklicznie prowadzone są szkolenia w jaskiniach tatrzańskich, w zależności od warunków w Tatrach Polskich lub Słowackich.

Sekcja nurków jaskiniowych TOPR jest wyposażona w zestawy do nurkowania side-mount oraz backmount, w zależności od potrzeby wykorzystywana jest odpowiednia konfiguracja. Część nurków wykorzystuje również urządzenia typu rebreather.